성모 마리아 학교에 오맬리 신부님이 새로 발령을 받아 온다. 이곳의 원장 수녀인 베네딕트 수녀와 오맬리 신부는 학교 문제에 의견이 서로 달라, 늘 싸우는 처지다.
하지만 아버지가 없는 팻시의 문제나, 철거 위기에 놓인 학교 문제를 함께 헤쳐나가면서, 아이들을 위하는 서로의 마음을 이해하게 된다.
그 와중에 베네딕트 수녀는 결핵에 걸리게 되고, 의사는 그 사실을 속이고 전근을 보내라고 하지만, 아이들을 사랑하는 수녀의 마음을 아는 오맬리 신부는 수녀에게 사실대로 이야기한다. 이에 베네딕트 수녀는 완쾌돼서 돌아오겠다고 하며 학교를 떠난다.
