1937년 12월 13일 일본군이 국민정부(國民政府)의 수도였던 난징(南京)을 점령한 뒤 이듬해 2월까지 대량학살과 강간, 방화 등을 저지른 사건을 가리키며, 중국에서는 ‘난징대도살(南京大屠殺)’, 일본에서는 ‘난징사건(南京事件)’이라고 한다. 정확한 피해자 숫자는 확인할 수 없지만, 약 6주 동안 일본군에게 2~30만 명의 중국인이 잔인하게 학살되었으며, 강간 피해를 입은 여성의 수도 2~8만 명에 이르는 것으로 알려져 있다. 그리고 일본군의 방화와 약탈로 난징시 안의 건축물 약 23.8%가 불에 타고, 88.5%가 파괴된 것으로 보고되고 있다.
이 밖에 일본군은 상하이(上海)·항저우(杭州)·쑤저우(蘇州)·우시(無錫)·우후(芜湖)·양저우(楊州) 등 중국 장쑤성(江蘇省)과 저장성(浙江省) 일대의 주요도시들에서도 학살과 약탈을 자행해 적어도 3만 명 이상이 살해되었고, 수많은 강간 피해자들이 발생했다.
난징을 점령한 일본군은 중국군 포로와 일반인들을 대상으로 잔인한 학살을 저질렀다. 성 외곽이나 강가로 끌고 가서 기관총과 수류탄으로 수많은 사람들을 한꺼번에 죽였고, 총알을 아끼겠다며 산 채로 땅에 묻거나 휘발유를 뿌려서 불태워 죽이기도 했다. 중국인을 대상으로 병사들의 총검술 훈련을 하기도 했다. 1937년 12월 13일 오늘날 일본 《마이니치신문(每日新聞)》의 전신인 《도쿄니치니치신문(東京日日新聞)》에는 무카이 도시아키(向井敏明)와 노다 쓰요시(野田毅)라는 두 명의 일본군 소위가 누가 먼저 일본도로 100명의 목을 자르는지를 놓고 겨루었다는 기사가 실리기도 했는데, 이는 난징에서 일본군이 벌인 학살과 만행이 얼마나 잔인했는지를 잘 보여준다.
난징대학살이 진행되는 동안 프랑스 출신의 예수회 신부인 로베르 자퀴노(Robert Jacquinot de Besange)는 서방국가들의 공관을 중심으로 안전구역(Safety Zone)을 만들어 중국인을 보호하기도 했다. 그리고 《시카고 트리뷴(Chicago Tribune)》과 《뉴욕 타임스(New York Times)》 등은 난징에서 탈출한 서방 언론인들의 전언을 기초로 일본군의 만행을 보도했다.
제2차 세계대전이 종전된 뒤 1946년에 도쿄(東京)에서 열린 극동국제군사재판에서는 난징대학살의 피해자 규모를 15만 명 정도로 추산했다.
하지만 난징대학살 당시 국제적십자사·세계홍만자회(世界紅卍字會)·숭선당(崇善堂) 등 8개 구호단체들에서 수습해 매장했다고 보고한 시신의 숫자만 약 19만8천여 구에 이른다. 따라서 강에 던져지거나 매장되어 발견되지 않은 시신의 숫자를 고려하면 피해자 규모는 훨씬 더 많을 것으로 보인다. 중국에서는 30만 명 이상이 학살된 것으로 추정하고 있지만, 일본에서는 몇만 명 정도로 피해자의 규모를 축소하거나 극우세력의 경우에는 아예 난징대학살 자체가 날조된 거짓이라고 주장하기도 한다. 이렇듯 전쟁범죄의 책임을 인정하지 않으려는 일본 극우세력의 태도는 양국간 역사 갈등의 원인이 되고 있기도 하다.
한편, 극동국제군사재판에서는 난징대학살과 관련해서
당시 중지나방면군사령관(中支那方面軍司令官)이었던 마쓰이 이와네(松井石根)가 학살의 방지와 책임자 처벌을 소홀히 했다는 혐의로 사형을 선고받아 처형되었다. 그리고 1946년 8월부터 이듬해 2월까지 열린 난징군사재판에서는 당시 난징에 주둔했던 일본군 제6사단 사단장 다니 히사오(谷壽夫), 100인 참수로 언론에 보도된 무카이 도시아키와 노다 쓰요시, 당시 육군 대위로 민간인 300인을 참수한 것으로 알려진 다나카 군기치(田中軍吉)를 사형에 처했다. 그러나 당시 상하이 파견군 사령관이던 아사카 야스히코(朝香宮鳩彦王)이 왕족에게는 전쟁범죄의 책임을 묻지 않는다는 미국의 방침에 따라 처벌에서 벗어나는 등 난징대학살의 책임자 처벌은 제대로 이루어지지 못했다.
