잭(Jack: 조셉 애쉬톤 목소리 분)과 질(Jill: 레이시 샤버트 목소리 분)은 부모님이 돌아가시고, 유일한 친(Barnaby Crookedman: 크리스토퍼 플러머 목소리 분)척인 버나비 삼촌이 사는 장남감 나라로 향하는 기차에 오른다. 장난감 나라로 가는 도중 기차안에서 톰(Tom Piper: 라펠 스바게 목소리 분)과 덤티(Mr. Dumpty: 찰스 넬슨 레일리 목소리 분)를 만나고, 종착역에 마중나온 메리(Mary: 캐서린 카바디니 목소리 분)도 만난다. 버나비는 아이들을 싫어하지만 양육비를 노리고 아이들을 맡아 돌봐주기로 한다. 그는 아이들을 다락방에 가둬두고 양육비를 받아들고 장난감 공장으로 달려가 메리 아버지의 공장을 헐값에 사려고 한다. 하지만 아버지의 피와 땀이 담긴 꿈의 장난감 공장을 메리는 전혀 팔 생각이 없다. 그러자 화가 난 버나비는 공장을 망하게 하려고 사람들을 고용하지만 아이들의 방해를 받자 그 아이들을 괴물로 숲으로 쫓아 보낸다. 이 사실을 알게된 장난감 나라행 기차의 수호지기 덤티는 톰과 메리에게 이를 알린다. 두 사람은 어두움에 휩싸인 괴물의 숲으로 전등을 들고 아이들 구하러 나선다. 다행히 아이들은 구하지만 버나비 삼촌은 다시 괴물들을 이끌고 장난감 나라의 마을 안으로 돌아와 공장에 불을 지르고 문제를 일으킨다. 톰과 메리는 공장을 살리기 위해 불을 꺼보려고 애쓰지만, 위험한 상황에 처하고 만다. 이때 메리는 반짝이는 아이디어를 생각해 낸다. 톰이 밤을 새워 만든 산타할아버지의 선물인 병정을 이용하는 것이다. 마을을 장악해 버린 괴물들을 대적하기 위해 병정들이 일어나고, 장난감 나라 최대 규모의 전쟁이 일어난다.
